Progressivement, et grâce aux périodes de paix (surtout après le 17éme siècle), les Samouraï développèrent philosophie (pratique du Zen, méditation ...) art floral (les fameux jardins Zen...), savoir vivre (cérémonie du thé, émergence du Bushido ...), art des lettres (calligraphie, haïku ...) Le combat armé se fit plus rare, la recherche de la perfection de la forme commença à l'emporter sur les aspects pratiques et fonctionnels des écoles de combat, le Jujitsu devient un art martial en période de paix, à l'époque Edo (1603-1868).
Le port des armes fut ensuite interdit aux citoyens, seuls les Samouraï pouvaient porter leurs sabres. Privilège retiré par l'Empereur Meiji en 1876, le Satsuma (groupe politique terroriste) fort de 7000 Samouraï s'opposa à cette décision, s'ensuit la bataille de Kagoshima, qui vit la défaite et la disparition de l'ordre des Samouraï. De nombreuses écoles de Jujitsu disparurent avec l'entrée du Japon dans l'ère moderne, et son ouverture sur l'occident. De plus, le Jujitsu ne jouissait pas d'une bonne réputation, il était associé par la population au banditisme et à la criminalité.